Järjestelmässä palkanlaskenta tehdään työntekijän palkkasopimuksella.
1. Mennään järjestelmässä Sopimukset -välilehdelle eli Taloushallinto → Palkat → Sopimukset. Kun sopimukselle on täydennetty vaaditut tiedot ja sopimus on tallennettu, voidaan aloittaa palkanlaskenta. Järjestelmä tuo sopimukselta automaattisesti siihen merkityn veroprosentin ja peruspalkan suuruuden tarvittaville palkkariveille. Laskenta sisältää myös WiseNetworkin päivittämänä kuluvan verovuoden voimassa olevat prosentit eri palkasta pidätettäville osille.
2. Tarkistetaan, että maksupäivä on oikein ja vaihdetaan se tarvittaessa oikeaksi. Tarkistetaan lisäksi, että palkkakauden alkupäivä ja loppupäivä ovat oikein.
3. Laskenta yhdistää eri palkan perusteet ”Summa” -sarakkeeseen, jotta pidätysrivit pystyvät laskemaan palkasta pidätettävät osat oikein. Tällainen on esimerkiksi ennakonpidätys -rivi. Pidätysten ulkopuolisia palkan perusteita ei lasketa pidätysriveille ”Summa” -sarakkeeseen. Yhteen lasketuille palkan perusteille automaattinen laskenta antaa kertoimeksi kunkin pidätysprosentin negatiivisena murtolukuna, jotta ”Yhteensä” -sarakkeeseen saadaan maksettavaa palkkaa vähentävä rivi.
4. Palkkatuotepaketilta on mahdollista poistaa tarpeettomia palkkatuotteita. Palkkatuotteen arvot voidaan jättää myös tyhjäksi, jolloin tuotteesta ei ilmesty palkkalaskulle riviä.
5. Palkanlaskennassa tehdään tarvittavat muutokset henkilön palkkasopimuksen riveille.
6. Kun palkka on tarkistettu ja mukana on kaikki vaadittavat palkan erät, siirrytään työsopimuksen "Palkat" -välilehdelle. Palkkalasku muodostetaan klikkaamalla "Luo seuraava lasku". Näin järjestelmä muodostaa palkkalaskun "Perustiedot" -välilehdelle täytettyjen tietojen perusteella. Palkkalasku muodostuu "Palkat" -välilehdelle alimmaiseksi riviksi ja klikkaamalla sitä päästään palkkalaskulle.